Die East Coast Main Line, auf der der „Flying Scotsman” verkehrt, wurde im 19. Jahrhundert von vielen kleinen Eisenbahnunternehmen gebaut, aber durch Fusionen und Übernahmen kontrollierten schließlich nur noch drei Unternehmen die Strecke: die North British Railway (NBR), die North Eastern Railway (NER) und die Great Northern Railway (GNR). Im Jahr 1860 gründeten die drei Unternehmen die East Coast Joint Stock für Durchgangsverbindungen mit gemeinsamen Fahrzeugen, und aus dieser Vereinbarung entstand der „Flying Scotsman“.

Der Name „Flying Scotsman” wird seit der Privatisierung der British Rail von den Betreibern der InterCity East Coast-Franchise beibehalten; die ehemalige Great North Eastern Railway gab sich sogar den Untertitel „The Route of the Flying Scotsman”. Der Flying Scotsman wurde von April 1996 bis November 2007 von GNER betrieben, dann bis November 2009 von National Express East Coast, bis April 2015 von East Coast und bis Juni 2018 von Virgin Trains East Coast. Seitdem wird er von der staatlichen London North Eastern Railway betrieben.

Am 23. Mai 2011 wurde die Marke Flying Scotsman für einen speziellen täglichen Schnellzugdienst wieder eingeführt, der von East Coast betrieben wird und um 05:40 Uhr in Edinburgh abfährt und London in genau vier Stunden erreicht, wobei er nur in Newcastle hält und mit einem InterCity 225 „Mallard”-Zug betrieben wird. Die Lokomotive der Klasse 91 mit der Nummer 91101 und der Steuerwagen 82205 wurden für die Einführung des Dienstes in einer speziellen kastanienbraunen Lackierung versehen. East Coast erklärte, dass die Wiedereinführung von benannten Zügen „ein Hauch von Glamour und Romantik” zurückbringen würde. Allerdings fuhr er zum ersten Mal in seiner Geschichte nur in eine Richtung: Es gibt keinen entsprechenden Dienst in Richtung Norden. Dieser Fahrplan wird bis heute beibehalten. In Richtung Norden dauert die schnellste Verbindung zwischen London und Edinburgh nun 4 Stunden und 19 Minuten. Im Oktober 2015 wurden 91101 und 82205 mit einer neuen Flying-Scotsman-Lackierung versehen.

Der Flying Scotsman ist der einzige Personenzug, der ohne Zwischenhalt durch Darlington und York fährt. Die neuen „Azuma”-Züge (Klasse 800 und Klasse 801) von LNER haben diesen Dienst am 1. August 2019 übernommen. Seitdem fährt dieser eine Zug planmäßig in genau 4 Stunden nach London.